In tegenstelling tot de darmen is de baarmoeder een steriele omgeving; er leven geen bacteriën. Vóór de geboorte zijn kinderen op een natuurlijke manier beschermd tegen schadelijke bacteriën, maar er heeft zich nog geen darmflora gevormd. Tijdens en na de geboorte komt een kind in aanraking met alle mogelijke schadelijke en onschadelijke micro-organismen.

De samenstelling van de darmflora van zuigelingen vertoont grote variatie. Bij kinderen die langs de natuurlijke weg worden geboren, wordt bij zestig procent B. infantis aangetroffen; bij kinderen die met een keizersnede ter wereld komen, slechts bij negen procent. Pasgeborenen, die borstvoeding krijgen, ontwikkelen vooral Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium infantis en Streptococcus thermophilus. De flora in de dunne darm bestaat bij deze zuigelingen voor meer dan negentig procent uit B. bifidumbacteriën, een soort die naar mate een kind ouder wordt meer plaats maakt voor anderen. Bij kinderen die borstvoeding krijgen worden veel minder E. coli bacteriën (een soms schadelijke soort) aangetroffen dan bij kinderen die flesvoeding krijgen.

Pasgeborenen die met flesvoeding of koemelk worden gevoed, ontwikkelen voornamelijk Bifidobacterium longum en Lactobacillus acidophilus.

De laatste decennia laten een langzame verandering zien in de samenstelling van de darmflora van zuigelingen. Mogelijk door milieu-invloeden gaat de samenstelling van kinderen die borstvoeding krijgen meer lijken op die van kinderen die andere voeding hebben gehad.

De zuren die door S. thermophilus worden geproduceerd worden over het algemeen beter verdragen door zeer kleine kinderen dan de melkzuren die door Acidophilus bacteriën geproduceerd worden.